11º BreSci

Brazilian e-Science Workshop

Sobre o evento

Nas últimas décadas, tem havido uma revolução no modo como a ciência e a engenharia têm sido conduzidas, ao se utilizar de forma intensiva as tecnologias de informação e comunicação (TICs). Essa nova forma de realizar a ciência, denominada de e-Science ou e-Ciência, desempenha hoje um papel fundamental na metodologia de trabalho adotada por muitos grupos de pesquisa em todo o mundo. O XI BreSci tem como objetivo colaborar com os esforços de e-Science propondo um fórum de discussão sobre temas relevantes dessa área de estudo. Além da trilha principal, que tem um escopo mais amplo e mais relacionado com as TICs, o workshop conta também com uma trilha de aplicações específica para discutir temas relacionados às áreas particulares de aplicação da e-Science, incluindo (mas não sendo restrito a) bioinformática, astronomia, química e informática na biodiversidade. A aproximação com pesquisadores dessas áreas da ciência visa a estreitar o relacionamento entre os participantes das diversas áreas. Ademais, essa aproximação propicia a identificação de demandas relativas à infraestrutura computacional sob o ponto de vista das áreas-fim. De outro lado, essa colaboração também propicia às áreas-fim uma melhor difusão das soluções elaboradas pela comunidade de computação.

Datas importantes

  • Prazo estendido: 19.03
    23 março 2017
    Deadline para submissão dos trabalhos
  • Prazo estendido: 24.04
    26 abril 2017
    Deadline para notificação aos autores
  • 07 maio 2017
    Deadline para envio da versão final

Trabalhos aceitos

Título Autores
Implementing W2Share: Supporting Reproducibility and Quality Assessment in eScience Lucas Augusto Carvalho, Joana Gonzales Malaverri, Claudia Bauzer Medeiros
CrossFlow: Interpolando Dados Pluviométricos com Apoio de Validação Cruzada em Workflows Científicos Sergio Manuel Serra da Cruz, Ulisses Roque Tomaz
Evaluation of Nature Inspired Metaheuristics for Search and Reconnaissance Operations by Rotary-wing Aircrafts André Yokoyama, Antonio Mury, Mariza Ferro, Bruno Schulze
An Architecture for Animal Sound Identification based on Multiple Feature Extraction and Classification Algorithms Leandro Tacioli, Luis Felipe Toledo, Claudia Bauzer Medeiros
Uma Estratégia para Versionamento dos Dados de Workflows Científicos Executados em Nuvem Fabrício Silva, Daniel de Oliveira, Vanessa Braganholo, Kary Ocaña, Vítor Silva
Uma Proposta de Implementação de Álgebra de Workflows em Apache Spark no Apoio a Processos de Análise de Dados Joao Ferreira, Daniel Gaspar, Bernardo Monteiro, Ana Beatriz Cruz, Fabio Andre Porto, Eduardo Ogasawara
BioSciCumulus: um portal para análise de dados de proveniência em workflows de biologia computacional Débora Pina, Vinícius Campos, Vítor Silva, Kary Ocaña, Daniel de Oliveira, Marta Mattoso
Predição de Falhas em Workflows Científicos em Nuvens baseada em Aprendizado de Máquina Daniel Pinheiro da Silva Junior, Aline Paes, Daniel de Oliveira
SciPhyloMiner: um Workflow para Mineração de Dados Filogenômicos de Protozários Thaylon Guedes, Kary Ocaña, Daniel de Oliveira
Análise de erros de anotação de genes exclusivos Priscilla Wagner, Guilherme Mattos, Luciano Digiampietri
Método computacional baseado em workflow para contabilização da frequência de repetição de k-mers Fabricio Vilasboas, Carla Osthoff, Kary Ocaña, Oswaldo Trelles, Ana Tereza Vasconcelos

Artigos

Serão aceitas submissões nos seguintes formatos: artigos técnicos completos para a trilha principal e artigos resumidos para a trilha de aplicações escritos tanto em inglês quanto em português. Artigos completos não devem exceder 8 páginas e artigos resumidos 4 páginas. O formato dos artigos deverá seguir o estilo da SBC. As submissões serão realizadas via JEMS.

Todas as submissões serão revisadas de acordo com os seguintes critérios: adequação ao escopo do workshop, relevância, qualidade técnica, originalidade e clareza. Artigos que descrevam trabalhos preliminares e em andamento também poderão ser submetidos. Resultados são desejáveis, mas não necessários. Os artigos (tanto da trilha principal quanto da trilha de aplicações) devem possuir uma seção descrevendo trabalhos relacionados. Os artigos serão revisados por pares, e os selecionados serão publicados nos anais do evento, devendo ser apresentados em sessões técnicas durante o workshop.

Será estudada ainda a possibilidade de submissão de resumos estendidos (máximo de 2 páginas) ou a escolha de bons manuscritos não selecionados para publicação como artigos completos nos anais do evento para ressubmissão como resumos estendidos. Em qualquer dos casos, a apresentação dos resumos estendidos seria na forma de pôsteres.

Tópicos de interesse

As atividades no workshop compreendem a apresentação de trabalhos completos, trabalhos em andamento, resumos, além de palestras convidadas, distribuídas ao longo de dois dias dentro da programação do CSBC. Os tópicos de interesse do XI BreSci incluem, mas não estão limitados aos listados abaixo.

Trilha Principal:

  • Infraestrutura para aplicações de e-Ciência (ex.: redes de alta velocidade)
  • Computação em nuvem para e-Ciência
  • Grades computacionais para e-Ciência
  • Gerência de workflows científicos
  • Ontologias e bancos de dados para e-Ciência
  • Modelos de dados para dados científicos
  • Proveniência de dados e processos
  • Modelos e técnicas para ciência colaborativa
  • Gerência de acesso a dados científicos
  • Técnicas de paralelismo de dados em e-Ciência (p.ex. MapReduce, BSP)
  • Organizações virtuais para e-Ciência
  • Arquiteturas orientadas a serviços
  • Web semântica para e-Ciência
  • Sistemas autonômicos e auto-organizados para e-Ciência
  • Tecnologias habilitadoras de e-Ciência
  • Ambientes de experimentação para e-Ciência
  • Processos de experimentação para e-Ciência em larga escala
  • Gestão de conhecimento aplicada à e-Ciência em larga escala
  • Crowdsourcing e ciência cidadã
  • Ecossistemas de software para e-Ciência

Trilha de Aplicações:

  • Bioinformática: Genômica comparativa, evolutiva e funcional, Metagenômica, transcriptômica, metabolômica, proteômica e filogenômica, Gerência de dados de bioinformática e data mining, Serviços Web para bioinformática, Desenvolvimento de bancos de dados, algoritmos e ferramentas computacionais para bioinformática, Reconhecimento de padrões, agrupamento e classificação, Modelagem e ancoragem molecular, estudos de cristalografia e desenho de drogas, Bioinformática aplicada à saúde pública, Bioinformática estrutural, genômica computacional e outras áreas afins.
  • Astronomia: Arquiteturas avançadas para a computação astronômica, Ambientes para análise da população estelar, Ferramentas para redes de colaboração em astronomia, Algoritmos avançados para processamento de dados astronômicos, Fotometria Panorâmica na era dos PB, Workflows para a exploração de conjuntos de dados astronômicos, Métodos de mineração de dados em astronomia, Armazenamento e visualização de simulações cosmológicas, Gerência de dados de astronomia, Processamento de consulta sobre grandes bancos de dados de astronomia, Tratamento para o casamento de catálogos astronômicos.
  • Química: Química computacional, Química teórica, Mecânica estatística, Mecânica molecular, Modelagem molecular, Simulação molecular, Cálculo de estrutura eletrônica, Armazenamento e visualização de dados em química.
  • Informática na Biodiversidade: Integração de dados de biodiversidade e ambientais, Modelagem de nichos ecológicos e ambientais, Qualidade de dados de biodiversidade, Padrões de dados e metadados para biodiversidade e meio ambiente, Workflows científicos e serviços Web para biodiversidade, Sistemas de informação geográficos para biodiversidade, Web semântica e ontologias na biodiversidade e meio ambiente, Ferramentas para digitalização e mobilização de dados de biodiversidade.

Quarta-feira (05.07)

Horário Título
8:30 - 10:30 Keynote: Captura de Proveniência de Scripts: Desafios e Oportunidades
Professor Leonardo Murta (IC-UFF)
10:30 - 11:00 INTERVALO – COFFEE-BREAK
11:00 - 13:00 Implementing W2Share: Supporting Reproducibility and Quality Assessment in eScience
Autores: Lucas Augusto Carvalho, Joana Gonzales Malaverri, Claudia Bauzer Medeiros

BioSciCumulus: um Portal para Análise de Dados de Proveniência em Workflows de Biologia Computacional
Autores: Débora Pina, Vinícius Campos, Vítor Silva, Kary Ocaña, Daniel de Oliveira, Marta Mattoso

SciPhyloMiner: um Workflow para Mineração de Dados Filogenômicos de Protozários
Autores: Thaylon Guedes, Kary Ocaña, Daniel de Oliveira

Uma Proposta de Implementação de Álgebra de Workflows em Apache Spark no Apoio a Processos de Análise de Dados
Autores: João Ferreira, Daniel Gaspar, Bernardo Monteiro, Ana Beatriz Cruz, Fabio Andre Porto, Eduardo Ogasawara
13:00 - 14:30 INTERVALO – ALMOÇO
14:30 - 16:30 Horário reservado à CSBC
16:30 - 17:00 INTERVALO – COFFEE-BREAK
17:00-18:20 CrossFlow: Interpolando Dados Pluviométricos com Apoio de Validação Cruzada em Workflows Científicos
Autores: Sergio Manuel Serra da Cruz, Ulisses Roque Tomaz

Análise de Erros de Anotação de Genes Exclusivos
Autores: Priscilla Wagner, Guilherme Mattos, Luciano Digiampietri

Método Computacional Baseado em Workflow para Contabilização da Frequência de Repetição de k-mers
Autores: Fabricio Vilasboas, Carla Osthoff, Kary Ocaña, Oswaldo Trelles, Ana Tereza Vasconcelos

Quinta-feira (06.07)

Horário Título
8:30 - 10:30 Evaluation of Nature Inspired Metaheuristics for Search and Reconnaissance Operations by Rotary-wing Aircrafts
Autores: André Yokoyama, Antonio Mury, Mariza Ferro, Bruno Schulze

An Architecture for Animal Sound Identification based on Multiple Feature Extraction and Classification Algorithms
Autores: Leandro Tacioli, Luis Felipe Toledo, Claudia Bauzer Medeiros

Uma Estratégia para Versionamento dos Dados de Workflows Científicos Executados em Nuvem
Autores: Fabrício Silva, Daniel de Oliveira, Vanessa Braganholo, Kary Ocaña, Vítor Silva

Predição de Falhas em Workflows Científicos em Nuvens baseada em Aprendizado de Máquina
Autores: Daniel Pinheiro da Silva Junior, Aline Paes, Daniel de Oliveira
10:30 - 11:00 INTERVALO – COFFEE-BREAK
11:00-13:00 Capstone: Trajetórias Semânticas: Modelos e Análises
Professor José Macedo (UFC)
13:00 - 14:30 INTERVALO – ALMOÇO

Organização

Coordenação Geral

  • Rafaelli Coutinho, CEFET-RJ
  • Emanuele Santos, UFC

Coordenação Local

  • Fábio Silva Lopes, Mackenzie

Comitê Diretivo

  • Rafaelli Coutinho, CEFET/RJ (co-chair 2017)
  • Emanuele Santos, UFC (co-chair 2017)
  • Kary A. D. C. S. Ocaña, LNCC (co-chair 2016)
  • Regina Maciel Braga, UFJF (co-chair 2016)
  • Luiz M. R. Gadelha Jr., LNCC (co-chair 2015)
  • Antônio Tadeu A. Gomes, LNCC (co-chair 2014)

Comitê de Programa

  • Alberto Krone-Martins, Universidade de Lisboa
  • Ana Carolina Guimaraes, FIOCRUZ
  • Andrey Brito, UFCG
  • Antonio Miranda, FIOCRUZ
  • Antonio Tadeu Gomes, LNCC
  • Bruno Schulze, LNCC
  • Carla Osthoff, LNCC
  • Creto Vidal, UFC
  • Cristina Boeres, UFF
  • Daniel de Oliveira, UFF
  • Debora Drucker, EMBRAPA
  • Diogo Tschoeke, UFRJ
  • Duncan Ruiz, PUC-RS
  • Eduardo Bezerra, CEFET/RJ
  • Eduardo Dalcin, Inst. Pesq. Jardim Botânico
  • Eduardo Ogasawara, CEFET/RJ
  • Emanuele Santos, UFC (co-chair)
  • Fernanda Campos, UFJF
  • Gilberto Pastorello, Berkeley Lab
  • Glauber Wagner, UFSC
  • Joao Gomes, UFC
  • Joao Setubal, USP
  • Jonas Dias, DELL EMC
  • José David, UFJF
  • José Antonio Macêdo, UFC
  • Kaline Coutinho, USP
  • Kary Ocaña, LNCC
  • Kele Belloze, CEFET/RJ
  • Leonardo Azevedo, IBM/UNIRIO
  • Leonardo Murta, UFF
  • Lucia Drummond, UFF
  • Luciano Digiampietri, USP
  • Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior, LNCC
  • Marco Antonio Araujo, UFJF
  • Maria Claudia Cavalcanti, IME
  • Marta Mattoso, COPPE/UFRJ
  • Nazareno Andrade, UFCG
  • Priscila Goliatt, UFJF
  • Rafaelli Coutinho, CEFET/RJ (co-chair)
  • Regina Braga, UFJF
  • Reinaldo de Carvalho, INPE
  • Ricardo Ogando, ON-MCTI & LIneA
  • Ricardo Torres, Unicamp
  • Rita M.C. de Almeida, UFRGS
  • Ronaldo Goldschmidt, IME
  • Sergio Lifschitz, PUC-Rio
  • Sergio Manuel Serra da Cruz, UFRRJ
  • Silvia Olabarriaga, University of Amsterdam
  • Tainá Raiol, FIOCRUZ
  • Ubiratam De Paula, UFRRJ
  • Victor Stroele, UFJF
  • Vinod Rebello, UFF
  • Wagner Arbex, EMPRAPA
  • Yuri Nogueira, UFC